Σέλλανα (ΕΠΣ Καρδίτσας), Ολυμπιακό Λαμίας (ΕΠΣ Φθιώτιδας), Αλμυρό (ΕΠΣ Θεσσαλίας), και Ποσειδώνα Πόρων (ΕΠΣ Πιερίας).

Η κλήρωση των αγώνων θα διεξαχθεί την Τρίτη 28 του μηνός, ενώ τα παιχνίδια θα ξεκινήσουν στις 5 Απριλίου ημέρα Τετάρτη. Όλοι οι αγώνες θα είναι νοκ άουτ και σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος θα υπάρχει παράταση - πέναλτι. Η ομάδα που κληρώνεται πρώτη θα είναι γηπεδούχος.

Εκείνο που έχει ιδιαίτερη σημασία είναι ότι η νικήτρια ομάδα της διοργάνωσης θα προβιβασθεί στη Γ’ Εθνική Κατηγορία για την αγωνιστική περίοδο 2017-18, εφόσον δεν είναι πρωταθλήτρια της ανώτερης κατηγορίας της οικείας Ε.Π.Σ. Αν είναι πρωταθλήτρια, τότε στη Γ’ Εθνική Κατηγορία προβιβάζεται η φιναλίστ της διοργάνωσης, εφόσον κι αυτή δεν είναι πρωταθλήτρια της ανώτερης κατηγορίας της οικείας Ε.Π.Σ. (σε κάθε άλλη περίπτωση η ειδική αυτή διάκριση της διοργάνωσης δεν ισχύει, ούτε μεταφέρεται σε άλλη ομάδα, πλην των δύο φιναλίστ).

Οι αγώνες του Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων, περιόδου 2016-2017, θα διεξαχθούν σε εφτά (7) αγωνιστικές, ως ακολούθως:

1η Αγωνιστική: Τετάρτη 5/4

2η Αγωνιστική: Τετάρτη 12/4

3η Αγωνιστική: Τετάρτη 19/4

4η Αγωνιστική: Τετάρτη 26/4

5η Αγωνιστική: Τετάρτη 3/5

6η Αγωνιστική: Τετάρτη 10/5

7η Αγωνιστική: Σάββατο 20/5 (Τελικός)

Επίσης η νικήτρια ομάδα του Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων θα αγωνισθεί σε αγώνα Super Cup με τη νικήτρια ομάδα του Κυπέλλου της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας, για την ανάδειξη του κυπελλούχου του Ερασιτεχνικού Ποδοσφαίρου περιόδου 2016 -17. Ο αγώνας αυτός θα διεξαχθεί το Σάββατο 27 Μαΐου.