Ειδικότερα, με την έναρξη της ακροαματικής διαδικασίας ο προεδρεύων του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου Αθανάσιος Ράντος ανακοίνωσε ότι με παρεμπίπτουσα απόφαση του δικαστηρίου απερρίφθη, κατά πλειοψηφία 24 υπέρ έναντι 6 κατά, το αίτημα της Ένωσης Αθέων και πέντε προσφεύγοντων γονέων που ζητούσαν να αφαιρεθούν τα θρησκευτικά σύμβολα (εικόνα της Παναγίας) από τη δικαστική αίθουσα κατά τη συζήτηση των πέντε εν λόγω αιτήσεων ακυρώσεως.
Στη συνέχεια η σύμβουλος Επικρατείας Παρασκευή Μπραΐμη ανέπτυξε την εισήγησή της και εξέθεσε τους ισχυρισμούς των αντίθετων αιτήσεων ακυρώσεως, για το μάθημα των θρησκευτικών (πρόγραμμα σπουδών και το περιεχόμενο του) στο Δημοτικό, Γυμνάσιο και Λύκειο, ο υποχρεωτικός εκκλησιασμός και η καθημερινή πρωινή προσευχή στα σχολεία, ο τρόπος απαλλαγής από το μάθημα των θρησκευτικών, κ.ά.
Αναλυτικότερα, στο ΣτΕ έχουν προσφύγει η Ένωση Αθέων, η Ελληνική Ένωση για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου (ΕλΕΔΑ) και 24 γονείς μαθητών.
Παρεμβάσεις υπέρ του μαθήματος των θρησκευτικών και κατά των σχετικών υπουργικών αποφάσεων έχουν καταθέσει η Εκκλησία της Ελλάδας, η Εκκλησία της Κρήτης και ο «Πανελλήνιος Σύνδεσμος Θεολόγων «Καιρός» για την Αναβάθμιση της Θρησκευτικής Εκπαίδευσης».
Κατά την ακροαματική διαδικασία από τους δικηγόρους όλων των πλευρών, αναπτύχθηκαν οι αντίθετες νομικές θέσεις για τα επίμαχα θέματα.
Τέθηκαν ζητήματα κατοχύρωσης της θρησκευτικής ελευθερίας σύμφωνα με την ΕΣΔΑ και το άρθρο 16 του Συντάγματος κ.λπ.
Ειδικότερα, τέθηκαν τα εξής θέματα και ερωτήματα:
-Παραβίαση του Συντάγματος, της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) και του διεθνούς σύμφωνου για τα δικαιώματα του παιδιού.
-Μη πρόβλεψη απαλλαγής των μαθητών από τον Εκκλησιασμό.
-Με μια απλή δήλωση να απαλλάσσονται οι μαθητές από την πρωινή προσευχή χωρίς περαιτέρω αναφορά στους λόγους εξαίρεσης και
-Το μάθημα των θρησκευτικών πρέπει να είναι ομολογιακό ή θρησκειολογικό.
Σε όλη τη διάρκεια της ακροαματικής διαδικασίας παρέμεινε και την παρακολούθησε το Jason-Αντιγόνη, ενώ μετά το πέρας της διαδικασίας φωτογραφήθηκε έξω από το δικαστικό μέγαρο του ΣτΕ.
Η Ολομέλεια επιφυλάχθηκε να εκδώσει τις αποφάσεις της.