Κατόπιν τούτου στη ζώνη ελέγχου η οποία εκτείνεται σε απόσταση 20 χιλιομέτρων από το επιβεβαιωμένο κρούσμα και διαρκεί 21 ημέρες,  ισχύουν μέχρι την 20ή Οκτωβρίου απαγόρευση μετακίνησης και σφαγής ζώων, εφαρμογή τακτικών εντομοκτονιών, με τη χρήση κατάλληλων και εγκεκριμένων εντομοκτόνων τόσο στα ζώα, όσο και στους στάβλους, τους γύρω χώρους και ιδίως σε σημεία που συγκεντρώνονται σκνίπες και κουνούπια (π.χ. λιμνάζοντα νερά, χόρτα).
Μετά την 20ή Οκτωβρίου, η ζώνη ελέγχου μεταπίπτει ως προς την εφαρμογή των μέτρων σε ζώνη προστασίας.
Οι υπόλοιπες περιοχές της Π.Ε. Καρδίτσας ανήκουν στην ζώνη προστασίας.
Τα ζώα σε όλες τις παραπάνω περιπτώσεις μετακινούνται μόνο εάν έχει εφαρμοστεί πριν τη μετακίνησή τους κατάλληλο εντομοαπωθητικό.
Οι κάτοχοι εκτροφών μηρυκαστικών (αιγοπροβάτων, βοοειδών) θα πρέπει να επικοινωνήσουν με το αρμόδιο Κτηνιατρικό Γραφείο της περιοχής τους για οδηγίες προκειμένου να προφυλάξουν τα ζώα τους από τη νόσο.
Η πρόληψη του νοσήματος μπορεί να γίνει με εμβολιασμό των ζώων κατά του Καταρροϊκού Πυρετού και με την καταπολέμηση των εντόμων τόσο με τη χρήση των κατάλληλων εντομοκτόνων στα ζώα όσο και στους στάβλους.