Κατά την κήρυξη τής Επανάστασης στην Ύδρα (28 Απριλίου '21), ο Μιαούλης υπέγραψε μαζί με άλλους έγγραφο με το οποίο διέθεταν τα πλοία τους στον Αγώνα. Ο ίδιος είχε 3 πλοία: ΚΙΜΩΝ - ΑΡΗΣ - ΗΡΑΚΛΗΣ. Φθινόπωρο του '21 αναλαμβάνει ναύαρχος τού υδραίικου στόλου. Φεβρουάριος του '22 καταστρέφει μία τουρκική φρεγάτα και προξενεί ζημιές σε άλλα πλοία στο λιμάνι τής Πάτρας.
-Ναυμαχία Σπετσών - Ναυπλίου, Σεπτέμβριος 1822. Αντιμετώπισε με επιτυχία τον στόλο τού Καπουδάν Πασά (80 πλοία οι Τούρκοι, 60 οι Έλληνες). Έτρεψε σε φυγή τον οθωμανικό στόλο και εμπόδισε τον ανεφοδιασμό τού κάστρου τού Ναυπλίου που πολιορκούνταν από τους Έλληνες. Νοέμβριο του '22 ο Σταϊκόπουλος το κατέλαβε. Ο Μιαούλης παρέλαβε τον οθωμανικό άμαχο πληθυσμό για να τον μεταφέρει στη Μ. Ασία.
-Ναυμαχία Γέροντα, Αύγουστος 1824. Ο εχθρικός στόλος έχασε 27 πλοία, ανάμεσά τους και την επιβλητική φρεγάτα "ΑΣΙΑ". Οι Τουρκοαιγύπτιοι υποχώρησαν κι έτσι αποτράπηκε η απόβασή τους στην επαναστατημένη Σάμο.
-Καταδρομική επίθεση σε Μεθώνη, Μάιος 1825. Αιφνιδίασε τον αιγυπτιακό στόλο προκαλώντας μεγάλες καταστροφές.
- Ενίσχυση Μεσολογγίου: Κατάφερνε να διασπά τον αποκλεισμό του και να το εφοδιάζει. Τον Ιανουάριο 1826 ανεφοδίασε για τελευταία φορά την πόλη. Σε γράμμα προς την Κυβέρνηση ανέφερε ότι το Μεσολόγγι δεν θα αντέξει για πολύ ακόμη...
* Ο Μιαούλης υποστήριζε ανοιχτά από το 1825 την Αγγλία. Μαζί με τον Κολοκοτρώνη υπέγραψε την αίτηση αγγλικής προστασίας. Το 1827, με απόφαση τής Γ' Εθνοσυνέλευσης είχε διοριστεί ως αρχηγός τού στόλου ο Άγγλος Κόχραν. Ο Μιαούλης υπέβαλε παραίτηση και περιορίστηκε στη διοίκηση τού πλοίου "ΕΛΛΑΣ", της φρεγάτας που τότε αγοράστηκε.
- Πάταξη Πειρατείας: Όταν ήρθε ο Καποδίστριας (18 Ιανουάριος 1828), αντικατέστησε τον Κόχραν με τον Μιαούλη. Του ανατέθηκε η καταστολή τής πειρατείας. Μέσα σε λίγους μήνες το κατάφερε... Το 1829 εκλέχτηκε γερουσιαστής, αλλά παραιτήθηκε και πέρασε στην αντιπολίτευση...
- Πυρπόληση δύο πλοίων στον Πόρο: Στις μεταρρυθμίσεις τού Καποδίστρια αντιτάχθηκαν κυρίως οι οικογένειες των Μαυρομιχαλέων (γαλλική παράταξη) και των Κουντουριωτών, καθώς κι ο Αλέξ. Μαυροκορδάτος (αγγλική). Η Μάνη και η Ύδρα εξελίχτηκαν σε αντικαποδιστριακά κέντρα. Ο Μιαούλης προσχώρησε στους Υδραίους. Ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης υποκίνησε εξέγερση στη Μάνη, ενώ ο Μιαούλης με 200 Υδραίους κατάλαβε τον ναύσταθμο τού Πόρου. Κάθε συμβιβασμός ήταν ανέφικτος.... Οι ξένοι στόλοι αποκλείουν Πόρο και Ύδρα. Ο Ρώσος ναύαρχος τίναξε στον αέρα το πλοίο "Νήσος των Σπετσών". Ο Μιαούλης εξωθήθηκε στο "μεγαλουργόν έγκλημα": 1 Αυγ. 1831 ανατίναξε τη φρεγάτα "ΕΛΛΑΣ" και την κορβέτα "ΥΔΡΑ"... Η πράξη αυτή ξεσήκωσε τη γενική κατακραυγή. Ο Κανάρης σε επιστολή του: "...Είθε να παραδοθεί το όνομα τού αυτουργού τοιαύτης πράξεως βαρβαρικής εις αιώνιον ανάθεμα!....". Πάντων υπήρξε μεταμέλεια τού Μιαούλη...
- Άλλα αξιώματα - Το τέλος του: 1833 διορίστηκε αρχηγός τού Ναυτικού Διεθυντηρίου, τιμήθηκε με βασιλικό παράσημο, του παραχωρήθηκε τιμητική σύνταξη. 1834, τοποθετήθηκε γενικός επιθεωρητής τού στόλου, σύμβουλος Επικρατείας, ενώ προβιβάστηκε και σε αντιναύαρχο. Τον Ιούνιο του 1835 απεβίωσε 66 ετών, λόγω της φυματίωσης που τον τελευταίο χρόνο τον ταλαιπωρούσε. Ενταφιάστηκε σε ακτή τού Πειραιά, που από τότε ονομάστηκε "Ακτή Μιαούλη". Τα οστά του μεταφέρθηκαν το 1986 στην Ύδρα, ενώ σε ασημένια λήκυθο (αγγείο) που φυλάσσεται στο Μουσείο Ύδρας, τοποθετήθηκε η καρδιά του...

Από τον Ευάγγελο Μπαλντούνη,
φιλόλογο