Αλλαγές στους κανονισμούς του ΕΛΓΑ δρομολογεί η διοίκησή του και για το σκοπό αυτό συγκροτεί, με απόφαση του προέδρου κ. Βασίλη Έξαρχου, ομάδες εργασίας. Μία ομάδα εργασίας που έχει προθεσμία να ολοκληρώσει το έργο της έως 21 Ιουνίου 2013 έχει ως αντικείμενο «να εισηγηθεί συγκεκριμένες δράσεις και ενέργειες τις οποίες θα πρέπει να υλοποιήσει ο ΕΛΓΑ προκειμένου

- να  βελτιωθεί  το ισχύον θεσμικό πλαίσιο (νόμοι, κανονισμοί, εγκύκλιοι, κλπ)

-να επισπευσθούν και να απλοποιηθούν οι διαδικασίες εκτίμησης και αποζημίωσης των ζημιών.

- να ενισχυθεί η συνεργασία του ΕΛΓΑ με τους αγρότες, τις οργανώσεις τους και την τοπική αυτοδιοίκηση».

Οι υπόλοιπες ομάδες εργασίες έχουν προθεσμία να ολοκληρώσουν το έργο τους μέχρι 31 Μαΐου 2013 και το αντικείμενό τους αφορά:

-«Τον φυτικό τομέα με στόχο τη βελτίωση του ισχύοντος Κανονισμού Ασφάλισης της Φυτικής Παραγωγής, σε συνδυασμό με την εφαρμογή της Δήλωσης Καλλιέργειας.

-Τον ζωικό τομέα με στόχο τη βελτίωση του ισχύοντος Κανονισμού Ασφάλισης του Ζωικού Κεφαλαίου.

-Τον Κανονισμό Κρατικών Οικονομικών Ενισχύσεων με στόχο την επανεξέταση του ισχύοντος Κανονισμού έτσι ώστε να επιτευχθεί συντόμευση στο χρόνο καταβολής των κρατικών οικονομικών ενισχύσεων. 

-Την ενεργητική προστασία με στόχο την επανεξέταση του ισχύοντος θεσμικού πλαισίου για την ενεργητική προστασία ώστε να βελτιωθεί και να διευρυνθεί.

-Την αναθεώρηση της ΚΑΠ και τις επιπτώσεις στο γεωργοασφαλιστικό σύστημα της χώρας με στόχο  τη  μελέτη των προς διαβούλευση κειμένων για την αναθεώρηση της ΚΑΠ, τη διερεύνηση των επιπτώσεων στο γεωργοασφαλιστικό σύστημα της χώρας και την εισήγηση για εναρμόνιση του θεσμικού πλαισίου του ΕΛΓΑ με τη νέα ΚΑΠ».