Και αυτό και γιατί το Φανάρι δεν έχει ενημερωθεί ακόμα από τον κ. Ιερώνυμο για τη συμφωνία, παρά το γεγονός ότι τόσο η αυτοκέφαλη εκκλησία της Κρήτης, όσο και εκείνη των Δωδεκαννήσων, υπάγονται απευθείας στο Οικουμενικό Πατριαρχείο. Ετσι ακόμα δεν είναι σαφές κατά πόσο και αν δεσμεύονται οι δύο αυτές εκκλησίες από τα όσα συμφώνησαν ο Πρωθυπουργός και ο Αρχιεπίσκοπος. Συν το γεγονός ότι πολύ δύσκολα θα υπάρξει συμφωνία για τη διαχείριση της περιουσίας των δύο αυτών εκκλησιών αφού υπάγονται στη δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Τα ίδια προβλήματα υπάρχουν και με την περιουσία των Μητροπόλεων των Νέων Χωρών αφού θρησκευτικά υπάγονται στην εξουσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Πληροφορίες θέλουν τις εκκλησίες της Κρήτης και των Δωδεκανήσων να βρίσκονται σε επικοινωνία με το Φανάρι ώστε να συντονίσουν τις ενέργειές τους. Να σημειωθεί ότι μέχρι στιγμής δεν έχει υπάρξει επίσημη αντίδραση από την πλευρά του Πατριαρχείου, αλλά σίγουρα οι εξελίξεις συμπίπτουν σε μια χρονική στιγμή που οι σχέσεις του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου και του Αρχιεπισκόπου Ιερώνημου βρίσκονται στο χαμηλότερο δυνατό σημείο. Αρκεί να θυμίσουμε οτι στην πρόσφατη επίσκεψη του κ. Βαρθολομαίου στην Αθήνα, οι δύο άνδρες δεν συναντήθηκαν, και η προγραμματισμένη συνάντησή τους ματαιώθηκε καθώς και οι δύο πλευρές επικαλέστηκαν «φόρτο εργασίας». Αφορμή για το τελευταίο επεισόδιο ήταν δικαστική απόφαση για έναν ναό στο κτήμα Προμπονά στα Πατήσια, που ήταν μήλο της έριδος μεταξύ των δύο πλευρών. Η απόφαση του ΣτΕ -για την ιστορία- δικαίωσε το Οικουμενικό Πατριαρχείο.