Τώρα, η Εκκλησία της Ελλάδος στρέφεται κατά:
Της από 27.7.2018 απόφασης της συντονιστικής επιτροπής αποκεντρωμένης διοίκησης Αιγαίου σχετικά με τις εκλογές στην διοικούσα επιτροπή του εν λόγω Ιδρύματος και
Κατά της από 22.10.2018 συνεδρίασης της διοικούσας επιτροπής του επίμαχου Ιδρύματος κατά το σκέλος που αφορά την εκλογή του αντιπρόεδρου και του γενικού γραμματέα της διοικούσας επιτροπής.
Η Εκκλησία της Ελλάδος ζητεί να κηρυχθεί αντισυνταγματική η τροπολογία που καθαίρεσε την προηγούμενη διοίκηση στο Ίδρυμα και αφαίρεσε το δικαίωμα στον εκάστοτε μητροπολίτη Σύρου να έχει ψήφο κατά την ψηφοφορία από την οποία προκύπτει ο αντιπρόεδρος και ο γενικός γραμματέας του ΠΙΙΕΤ.
Ακόμη, υποστηρίζει ότι το άρθρο 48 του νόμου 4521/2018 παραβιάζει τη θρησκευτική αυτονομία της Εκκλησίας έναντι του κράτους και την αρχή της θρησκευτικής ουδετερότητας του κράτους, με την έννοια της μη επέμβασης του κράτους σε εσωτερικά θρησκευτικά ζητήματα, όπως την προβλέπει η Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ).
Συγκεκριμένα, υποστηρίζει ότι παραβιάζονται τα άρθρα 3, 12 και 13 του Συντάγματος, καθώς πλήττεται η θρησκευτική αυτοδιοίκηση της Εκκλησίας της Ελλάδος ως συλλογικό δικαίωμα, ενώ παραβιάζονται και τα άρθρα 9, 11 και 14 της ΕΣΔΑ, που κατοχυρώνουν τη θρησκευτική αυτονομία της Ορθόδοξης Εκκλησίας της Ελλάδος και την αρχή της θρησκευτικής ουδετερότητας του κράτους.