Η ηλεκτρονική συνταγογράφηση εφαρμόζεται αρχικά με καταχώριση και εκτέλεση συνταγών φαρμάκων και στη συνέχεια θα ακολουθήσουν η καταχώριση και η εκτέλεση παραπεμπτικών διαγνωστικών εξετάσεων. Η συνταγογράφηση των άμεσα ασφαλισμένων του ΥΠΕΘΑ (εν ενεργεία στρατιωτικοί) διενεργείται από ιατρούς στρατιωτικής μονάδας, στρατιωτικού νοσοκομείου ή σε τμήμα επειγόντων περιστατικών κρατικού νοσοκομείου. Σε κάθε άλλη περίπτωση συνταγογράφηση διενεργείται μόνο κατόπιν βεβαίωσης/παραπομπής από γιατρό στρατιωτικής μονάδας.
Οι συνταγές ασφαλισμένων του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας εκτελούνται επί πιστώσει σε φαρμακεία στρατιωτικών νοσοκομείων, κρατικών νοσοκομείων καθώς και σε συμβεβλημένα με το ΥΠΕΘΑ ιδιωτικά φαρμακεία. Στα λοιπά, μη συμβεβλημένα ιδιωτικά φαρμακεία, η δαπάνη φαρμάκων καταβάλλεται από τον ασφαλισμένο, ο οποίος αιτείται στη συνέχεια αποζημίωση από τον ασφαλιστικό φορέα του.
Με την ένταξη και των εν ενεργεία στρατιωτικών στο σύστημα της ηλεκτρονικής συνταγογράφησης ολοκληρώνεται η συνταγογράφηση για το σύνολο, πλην ελαχίστων εξαιρέσεων, του πληθυσμού σε εθνικό επίπεδο, συμβάλλοντας στην παροχή ποιοτικών υπηρεσιών υγείας προς τους πολίτες, στην απλούστευση και επιτάχυνση των διαδικασιών, καθώς επίσης και στον εξορθολογισμό της ιατροφαρμακευτικής δαπάνης. Σημειώνεται, ότι έχει εγκατασταθεί και λειτουργεί στην ΗΔΙΚΑ ΑΕ εφαρμογή ηλεκτρονικής καταχώρισης και εκτέλεσης συνταγών φαρμάκων, με στόχο την ένταξη των τεσσάρων μεγαλύτερων ασφαλιστικών ταμείων της χώρας στο σύστημα της ηλεκτρονικής συνταγογράφησης (ΟΑΕΕ, ΙΚΑ-ΕΤΑΜ, ΟΓΑ και ΟΠΑΔ).