Η δικαστική έρευνα αφορά την περίοδο 1999 – 2014 καθώς έπειτα από έλεγχο που διενεργήθηκε από το ΣΔΟΕ και την οικονομική αστυνομία διαπιστώθηκε απώλεια εσόδων ύψους 37 εκατ. ευρώ ποσό που προέρχεται από τα χρήματα που όφειλαν να καταβάλουν στο λογαριασμό όσοι εκ των καθηγητών του Ιδρύματος ασκούσαν παράλληλα ελευθέρια επαγγέλματα. Οι υπόχρεοι καθηγητές υπολογίζεται ότι ξεπερνούν τα 1.000 άτομα

Η δίωξη αφορά στους προέδρους και αντιπροέδρους του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας (ΕΛΚΕ) καθώς και τους πρώην πρυτάνεις του πανεπιστημίου Μιχάλη Παπαδόπουλο, Αναστάσιο Μάνθο και Γιάννη Μυλόπουλο καθώς σύμφωνα με τις εισαγγελικές αρχές δεν διεκδίκησαν – ως όφειλαν σύμφωνα με τις εισαγγελικές αρχές- να εισπραχθεί το παραπάνω χρηματικό ποσό, το οποίο διαμορφώνεται με βάση το 15% επί της ακαθάριστης αμοιβής από την άσκηση ελευθέριου επαγγέλματος καθηγητών πλήρους απασχόλησης.

Για το ίδιο θέμα έχουν ασκηθεί ποινικές διώξεις που αφορούν στο πανεπιστήμιο Μακεδονίας όπου από έλεγχο που διενεργήθηκε από το ΣΔΟΕ διαπιστώθηκε απώλεια εσόδων ύψους 640.000 ευρώ. Για την ίδια υπόθεση έχουν ασκηθεί διώξεις και σε βάρος πρόεδρων και αντιπροέδρων του ΕΛΚΕ του Α-ΤΕΙ Θεσσαλονίκης ενώ αναμένεται να ακολουθήσουν ποινικές διώξεις και για το ΑΠΘ.