Ο Hillenburg άφησε την τελευταία του πνοή έπειτα από πολύχρονη μάχη με τη νόσο ALS, μια νευροεκφυλιστική ασθένεια που επηρεάζει τα νευρικά κύτταρα, τον εγκέφαλο και τη σπονδυλική στήλη. Σε ανακοίνωσή του στο Twitter το τηλεοπτικό δίκτυο Nickelodeon έγραψε σχετικά:
Είμαστε λυπημένοι καθώς μοιραζόμαστε μαζί σας τα νέα για το θάνατο του Stephen Hillenburg, του δημιουργού του SpongeBob SquarePants (Μπομπ Σφουγγαράκης). Ας κρατήσουμε μια στιγμή σιωπής για να τιμήσουμε τη ζωή και τη δουλειά του.
Ο Stephen Hillenburg είχε διαγνωσθεί ότι έπασχε από τη νόσο τον Μάρτιο του 2017.