Η έκδοση άρχισε το 1855, όταν διευθυντής της Βιβλιοθήκης ήταν ο Γεώργιος Τερτσέτης. Διακόπηκε, ξανάρχισε τη δεκαετία του 1970 και συνέχισε έως τις μέρες μας.
Οι 25 τόμοι που καλύπτουν την περίοδο από τα χρόνια του Αγώνα έως και τον Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια είναι αναρτημένοι στον ιστότοπο της Βιβλιοθήκης της Βουλής (https://paligenesia.parliament.gr/) και είναι δυνατή η αναζήτηση κυρίων ονομάτων και τόπων στο σύνολο των τόμων.
Με την ευκαιρία της επετείου της συμπλήρωσης 200 χρόνων από την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης του 1821, ολοκληρώθηκε η έντυπη σειρά των Αρχείων της Ελληνικής Παλιγγενεσίας. Τυπώθηκαν οι τόμοι 24 και 25, οι οποίοι περιλαμβάνουν έγγραφα της Καποδιστριακής Περιόδου: σχέδια ψηφισμάτων, της Γραμματείας της Δικαιοσύνης, της Οικονομικής Επιτροπής, του Υπουργείου Εξωτερικών, και αλληλογραφία του Κυβερνήτη με αντιπρέσβεις και γενικά προσωπικότητες της εποχής του.
Οι τόμοι περιέχουν μεταγραφή εγγράφων, σε πολλές περιπτώσεις αποτυπώσεις των εγγράφων και ευρετήρια.
Τη γενική επιστημονική επιμέλεια έχει ο Αγαμέμνων Τσελίκας (φιλόλογος-παλαιογράφος, προϊστάμενος του Ιστορικού και Παλαιογραφικού Αρχείου του Μορφωτικού Ιδρύματος Εθνικής Τραπέζης). Τη μεταγραφή εγγράφων ανέλαβε η Λένα Κορομηλά (παλαιογράφος και επιμελήτρια ιστορικών κειμένων, συνεργάτις της Βιβλιοθήκης της Βουλής).
Η σειρά των Αρχείων της Παλιγγενεσίας έχει σημαίνουσα βαρύτητα στην ιστορία των ελληνικών αρχειακών εκδόσεων και αποτελεί παράδειγμα συστηματικής μακρόχρονης έκδοσης. Παράλληλα, είναι βασική πηγή μελέτης της σύγχρονης ελληνικής ιστορίας, που συμβάλλει καθοριστικά στη διατήρηση της εθνικής μνήμης.